Окрестности села Черниж были заселены ещё в X–XII веках, о чём свидетельствует курганный могильник на правом берегу реки Мжары; само село упоминается в письменных источниках с середины XVIII века. Каменная церковь в честь святителя и чудотворца Николая построена в 1755 году усердием прихожан.

В 1834 году на пожертвования местной помещицы Екатерины Ивановны Кречетниковой к церкви пристроена тёплая трапезная с приделами в честь преподобного Сергия Радонежского и Казанской иконы Божией Матери. Во второй половине XIX века при храме была возведена часовня-усыпальница местных землевладельцев — суздальских помещиков Рагозиных.

Никольская церковь была закрыта в 1930 году; в здании размещались клуб и столовая с пекарней. В 1974 году храму присвоен статус памятника архитектуры; ныне приход возрождается.