По преданию, на месте села Васильково на берегу Нерли находился городок, построенный в XII веке князем Василием Константиновичем. Холодная каменная церковь во имя святого пророка Божия Илии построена в селе в 1868 году усердием прихожан; при ней в 1877 году, также на средства прихожан, возведена тёплая каменная трапезная с двумя престолами — в честь Покрова Пресвятой Богородицы и во имя святого Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. Колокольня каменная.

Приход в конце XIX века состоял из одного села (128 дворов). В 1922 году из храма были изъяты церковные ценности; позднее церковь закрыли. В 1968 году здание признано памятником архитектуры.

Православный приход Свято-Ильинского храма села Васильково официально действует с 17 августа 1999 года.