Село Брутово впервые упоминается в начале XVI века: грамотой 1515 года великий князь московский Василий Иванович пожаловал своё дворцовое село «Брутовское» причту владимирского Дмитриевского собора. По выписи из писцовых книг 1625–1627 годов в селе стояла деревянная церковь Николая Чудотворца «со всяким церковным строением мирским»; храм значится и в патриарших окладных книгах 1628 года.

Существующая каменная церковь с каменной же колокольней освящена в 1802 году. Престолов три: в главной холодной церкви — во имя святителя Николая Чудотворца, в трапезе справа — в честь Тихвинской иконы Божией Матери, слева — в честь святых благоверных князей Бориса и Глеба. Оба придельных престола устроены в 1850 году в память избавления от эпидемии холеры 1848 года.

Усердием прихода восстановлена колокольня и отремонтирована трапезная с приделами.