Лопатницы на речке Подыксе, в 10 километрах от Суздаля, — старинное дворцовое село московских великих князей и царей. Один из владельцев села, князь Иван Иванович, в 1490 году передал два луга Спасо-Евфимиеву монастырю. В начале XVII века Лжедмитрий пожаловал «дворцовое село Лопатницы» инокине Александре — бывшей супруге царевича Ивана Ивановича, сына Ивана Грозного; в Смутное время село было разорено поляками и литовцами. В XVII веке Лопатницы были центром дворцовой волости.

В 1797 году на месте обветшавшей деревянной церкви на средства прихожан построен каменный храм с колокольней. Престолов два: в холодной части — во имя святителя Николая Чудотворца, в тёплом приделе — во имя святых мучеников Флора и Лавра. С 1872 года в селе существовала церковно-приходская школа.

В советское время храм был закрыт и пришёл в запустение; ныне числится памятником архитектуры.